体检项目也很全，从身高、体重、视力等基本检查，到结核检查、心脏检查、尿检、寄生虫检查、X光透视等专门项目的检查，样样俱全。体检中，学生还会被询问是否挑食、睡眠是否充足、父母是否有吸烟酗酒等情况。日本学生在游泳、马拉松、登山、修学旅行等活动前，一般也要接受身体健康检查，以防万一。日本9~13岁的学生每年还要接种一次防止脑炎的疫苗。除了身体上的体检以外，日本的学校现在也重视孩子心理健康检查，将儿童每天上网时间、游戏时间、与朋友家人谈话的时间等都会一一询问记录，帮孩子养成良好的性格。
学生健康检查除了国家统一规定的项目，也会根据各地的情况自行决定增加项目，所有费用都由国家和地方财政承担。福岛地区因为2011年的大地震导致核电站泄漏，让很多居民的健康受到损害。福岛县现在对学生的体检增加了很多“检查辐射”的项目，因为有学生反映自己的身体功能似乎发生了变化，所以现在日本福岛政府加强对学生的辐射检验。
日本成年人每年也会接到体检通知，因为加入国民健康保险的原因，体检费用自己支付的部分很少。所以，日本国民每年参加一次体检的人群比例很大，发现疾病就能及时救治，这也是日本人长寿者多的原因之一。
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