胃肠功能紊乱，在临床上称为功能性胃肠病，判断方法包括常规检查、肝肾功能、消化系统肿瘤标志物、核素扫描、钡剂灌肠检查和内镜检查。
1、常规检查：
确定是否存在血液系统疾病以及细菌、病毒和寄生虫感染。
2、肝肾功能：
排除系统性或其他系统性疾病引起的上消化道症状，如糖尿病、肾病、肝胆胰疾病、风湿免疫性疾病和精神神经性疾病。
3、消化系统肿瘤征象：
排除引起消化道症状的消化系统肿瘤。
4、幽门螺杆菌检查：
对于经验性治疗或常规治疗无效的功能性消化不良患者，可以进行该检查。常用13C或14C尿素呼气试验。在检查过程中，医生会让患者口服C-13或C-14标记的尿素胶囊，一段时间后呼出，然后将其密封。通过检测呼吸样本中标记的C-13或C-14二氧化碳含量，确定胃内是否存在HP感染。该检查不依赖内窥镜检查，患者依从性好，准确性高。是检测幽门螺杆菌的重要方法之一。
5、腹部CT和B超：
进行腹部CT或B超扫描，排除器质性病变。如果想进一步确定患者的病理生理变化，可以进行胃排空检查，如放射性核素扫描和超声检查。
6、钡灌肠检查：
如果近期排便习惯持续改变、发作形式改变或症状逐渐加重、有结直肠癌家族史和年龄增长，则应进行钡灌肠检查≥40岁。
7、内镜检查：
在详细病史收集和体检的基础上，初诊消化不良患者应选择有针对性的辅助检查，排除消化系统器质性疾病。
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