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肛管直肠瘘，由于主要侵犯肛管，比较少涉及直肠，故常称为“肛瘘”。肛瘘整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，不能自愈。而且，肛瘘的发病率很高，仅次于痔疮，多发生于男性青壮年。如果要判断是否为肛瘘，最好进行以下几个方面的诊断。
1.观察
肛瘘患者的肛门周围皮肤上或臀部，常常形成一个突起或凹陷。周围皮肤会有脱皮、发红的表现，如果是红紫色，多为结核性瘘管。
2.摸
若患者是低位肛瘘，在瘘管皮下可以摸到绳状硬条，从外口一直到肛门。用指按压后，会有脓液流出。
3.直肠指诊
初诊肛瘘的重要步骤。在内口外有轻度压痛，常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，少数可扪到硬结。
4.找出内口、瘘管所在
由于内口是肛瘘的原发病灶，因此确定内口所在位置，对治疗十分重要。可以通过染色法、肛门镜检查、探针检查等方法。
亚甲蓝染色法：将白湿纱布塞入肛管及直肠下端，通过外口向瘘管内注入亚甲蓝1～2毫升，然后取出肛管内纱布。根据纱布上有无亚甲蓝染色及染色部位，可以明确瘘管的存在及内口部位。
探针检查：用探针通过外口插入管道，以明确瘘管的位置及内口所在。此法一般在手术时麻醉下进行。
5.弄清瘘管“路线”
弄清瘘管的走势，为了查出瘘管是否穿过外括约肌和肛提肌。特别是通过肛门直肠环的瘘管，手术若切开肛门直肠环，术后会引起肛门失禁。其次，瘘管深浅不同，高位、地位的肛瘘对手术的要求也不同，所以要更为细致地诊断瘘道主体与支体的走势、变化。
肛管超声：对括约肌间瘘有时有确诊价值，但无法确诊括约肌外瘘及经括约肌瘘。
瘘管造影：自外口注入30%～40%碘油，X线摄片可观察瘘管分布，多用于高位复杂性肛瘘及蹄铁形肛瘘的诊断。
由于肛瘘属于无法自愈的疾病，所以患者只能接受手术治疗，将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据患者瘘管的深浅、曲直程度，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。就诊科室是肛肠外科。
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