真菌性肠炎通常是由于长期应用广谱抗生素、肾上腺皮质激素等药物引起肠道菌群失调所致，也可能是由免疫功能低下或侵袭性操作导致。此外，与年龄增长等因素有关。
1.长期应用广谱抗生素：若患者长期使用广谱抗生素类药物进行治疗疾病，如阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等，可杀灭细菌而抑制其他微生物生长，但也会对体内的有益菌产生影响，从而诱发真菌感染的情况发生。
2.肾上腺皮质激素：如果患者患有自身免疫性疾病，并且在医生指导下大量服用糖皮质激素类药物进行治疗，比如醋酸泼尼松龙片、地塞米松片等，则可能会因为长时间用药而导致体内正常菌群紊乱，进而出现真菌性肠炎。
3.免疫功能低下：如果患者的免疫力比较低，在受到外伤或者有基础病的情况下，就容易使机体处于易感状态，当受到念珠菌等致病菌入侵时，就会引发真菌性肠炎。
4.侵袭性操作：常见于留置导尿管、胃镜检查以及内窥镜检查等情况，此时会破坏正常的黏膜屏障保护作用，而且还会降低消化道黏膜防御能力，所以会导致真菌通过破损部位进入肠道，造成真菌性肠炎的发生。
5.年龄增长：随着人体衰老，身体各器官组织的功能逐渐下降，尤其是老年人，其肠道蠕动减慢，同时因食物中的纤维素含量减少，更易导致便秘情况发生，而大便堆积则为真菌滋生提供有利条件，从而增加真菌性肠炎发生的几率。
除上述因素外，还可能与接受化疗等因素相关。因此建议存在此类问题的人群及时到医院就诊，完善相关检查后遵医嘱进行针对性处理。
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