临床上治疗非淋菌性尿道炎的方法较多，并没有哪种药物更好这一说法。对于非淋菌性尿道炎的患者而言，在医生指导下使用大环内酯类抗生素、喹诺酮类抗生素、四环素类抗生素以及磺胺类抗生素等进行治疗较好。
1.大环内酯类抗生素：如红霉素肠溶片、阿奇霉素胶囊、罗红霉素分散片等，此类药物抗菌谱广，对革兰氏阳性球菌和阴性杆菌有较好的抑制作用，且副作用小，不良反应少，因此常用于支原体、衣原体感染所致的非淋菌性尿道炎患者的治疗。
2.喹诺酮类抗生素：常用的包括盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸莫西沙星片等，这类药物杀菌力强，穿透细胞膜的能力也较强，对多数需氧菌及厌氧菌具有良好的抗菌活性，可用于支原体、衣原体导致的非淋菌性尿道炎的治疗。
3.四环素类抗生素：常用的是米诺环素胶囊、盐酸多西环素片等，该类药物通过与细菌核糖体结合，干扰转录过程而起到抑菌作用，对多种病原微生物均有较强的抑制作用，尤其对革兰氏阴性菌效果更佳，因此适用于支原体、衣原体导致的非淋菌性尿道炎的治疗。
4.磺胺类抗生素：如复方新诺明片等，其抗菌谱较广，口服吸收后可迅速被吸收入血，从而达到全身抗感染的作用，但由于目前出现耐药的情况较少，故仍为临床应用的一种有效的广谱抗生素。
除上述几种常见药物外，若患者还存在其他情况，也可在医生建议下选择头孢克洛缓释片、头孢呋辛酯颗粒等头孢类抗生素进行治疗。另外，由于部分非淋菌性尿道炎患者还可因衣原体或支原体感染引起，所以当患者同时合并呼吸道感染时，则可在医生指导下联合使用吸入用布地奈德混悬液等雾化剂治疗。此外，如果患者病情较为严重，也可以静脉注射注射用头孢曲松钠、注射用苄青霉素钠等药物进行治疗。
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