非淋球菌性尿道炎在临床上，由于患者未能及时、规则地治疗，使得本病缠绵难愈，直至产生一系列的并发症，从而增加了治疗的难度。
专家指出，男性患上非淋球菌性尿道炎要提防四大并发症。
①附睾-睾丸炎。临床可见附睾及睾丸肿大，触之发硬且疼痛明显，阴囊水肿，输精管变粗，抽取水肿之液体可分离出病原体。这是男性非淋球菌性尿道炎的主要并发症，其常与尿道炎同时存在；
②前列腺炎：非淋菌性前列腺炎是常见、复杂而又难治的并发症，有急、慢性之分，但大多数表现为慢性过程，如后尿道、会阴、肛门等部位坠胀、钝痛感，尚可放射到横膈以下各部，从而亦可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大、压痛的前列腺；
③Reiter综合征：即关节炎、结膜炎、尿道炎三联征。为非淋菌性尿道炎的部分合并症，可能还与遗传因素或自身免疫有关；
④其它如眼色素膜炎、强直性脊柱炎则甚为少见。
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