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沙眼衣原体感染发生于男性，引起的疾病包括非淋菌性尿道炎、淋病后尿道炎、附睾炎、前列腺炎、反应性关节炎、直肠炎，也可无症状。
1、非淋菌性尿道炎的潜伏期为１～３周，临床表现为尿道黏液性或黏液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状，也可无临床症状而仅出现不易解释的脓尿，其症状的消失与尿道衣原体的消除直接相关。
2、淋病后尿道炎发生在淋菌性尿道炎之后，约１５％～３５％的淋菌性尿道炎患者合并衣原体感染，当只给予抗淋病药物(这些药物对衣原体无效)，患者在短暂的好转后，仍持续有症状。
3、如未治疗或治疗不当，男性生殖道衣原体感染可进一步引起附睾炎，表现为附睾部位疼痛，触诊附睾肿大，有触痛，甚至出现阴囊表面的皮肤红肿。
4、由于前列腺与附睾相通，因此，沙眼衣原体也可能引起急性前列腺炎，但这只是推测性的，尚未得到证实。
5、反应性关节炎是非淋菌性尿道炎的重要合并症之一，常发生在尿道炎出现后１～４周。关节炎常为非对称性，累及下肢大关节及骶关节等。
6、直肠炎多发生在男性同性恋者中，临床表现轻者无症状，重者有直肠疼痛、出血、腹泻及黏液性分泌物。沙眼衣原体的无症状感染相当常见，无症状感染者可能比有症状者更多。
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