男性非淋菌性尿道炎不及时治疗，会有一些并发症。
并发症之一：精囊精索炎
常与前列腺同时存在。其临床表现与前列腺炎相似，同时有精液带血、射精痛和遗精次数增多等症状。直肠指检可发现前列腺上界两侧压痛、肿胀或有条束状物。
并发症之二：前列腺炎
急性期排尿有较剧烈的疼痛感，并向尿道、阴囊和臀部方向放射。直肠有坠胀。也可合并排尿困难和阴茎痛性勃起，少数伴有发热或全身不适。直肠指检有前列 腺肿大和压痛。尿中可出现透明丝状物或灰白色块状物。多数患者开始时即为慢性表现，表现为排尿不适、有会阴部、腹股沟、耻骨联合上部、腰背部的轻微疼痛或 酸胀感。检查时前列腺呈不对称肿大、变硬或硬结。
并发症之三：Reiter病
Reiter病又称粘膜、皮肤、眼综合征。患者有尿道炎、眼结膜炎和多发性对称性关节炎。部分患者有阴茎头和包皮内的浅表糜烂，边缘稍高，融合成多环状，称为环状阴茎头炎。受累的关节以膝、跺 和肘为多见。关节病变可长达数月，偶尔并发心肌炎、胸膜炎和多发性神经炎，抽取关节渗出液有时可查出衣原体。血清中抗衣原体抗体滴度亦有所升高。但 Reiter综合征可能由多种原因引起，衣原体感染仅可能是其中之一。
并发症之四：附睾炎
附睾炎可分急性和慢性。急性非淋菌性附睾炎较少见，发生率为1%，常与尿道炎症同时存在，多为单侧性。表现为附睾肿大，变硬，输精管增粗、触痛，也可有阴囊 水肿。慢性期时，附睾尾部可有硬结和精索增粗。常可因性生活过度和酗酒等诱因引起急性发作。附皋炎时血清抗体有明显增高，因此，血清学检查对附睾炎的诊断 有较大意义。
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