1、疱疹病毒的突变能力较强
疱疹病毒结构简单，而简单的结构使其在遇到药物破坏时较容易出现基因重组，发生突变，从而加大治疗难度。
2、抗菌药物的不规范使用
不规范使用抗菌药物影响身体的免疫及内分泌等系统的功能，同时还会使病毒产生变异，“治病”无异于“培养病毒。
3、并发症较多
生殖器疱疹本身症状经过半月左右症状会缓解，但会出现较多的并发症，如前列腺炎、溃疡等等，如不认真分析病情而盲目用药治疗则会毫无效果。
4、病毒分布较广
生殖器疱疹的病毒可广泛存在于患处、疱疹内部、渗出的组织液，后期甚至感染神经系统等等，而病毒的广泛分布加大了治疗的难度。
5、病毒潜伏期长
复发性疱疹潜伏期可长达半年之久，一旦机体免疫功能下降，病毒可被激活，导致疾病复发，加大治疗难度。
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