目前抗溃疡病的药物很多，在疗效上比较接近，在选择上也就有了较大的余地。原则是以疗效好、副作用小为主，同时兼顾病人的经济情况。
在十二指肠溃疡治疗期，以选择攻击因子抑制药物为主，这一点已得到了公认。具体选择哪种药物，很大程度上是取决于医生们的临床经验。最普通和最经济的药目前还是甲氰咪胍。但病人如果肝功有问题，就应放弃甲氰咪胍而用雷尼替丁，如果病人的肾功不好就应改用法莫替丁。在病人经济允许的情况下或溃疡面积较大而深，那么可以考虑应用洛赛克，因为它可以使溃疡愈合时间更短，且服用方便。
也有人主张在选择1种攻击因子抑制药物的同时加用1种粘膜保护剂，以更快地缓解症状和预防溃疡的复发，有人称其为“两种药物功能上的互补效应”。最近应用较多的是在用1种攻击因子抑制药物的同时加用麦滋林—S，效果较为理想。麦滋林—S的常用剂量为0.67克，每日3次口服。
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