通过做腰椎穿刺术进行脑脊液检查，如果结果为阴性，则不能确定是否患有脑炎。因为部分病毒性脑炎、结核性脑膜炎患者的脑脊液可能也会出现阳性反应，而其他细菌性感染引起的化脓性脑膜炎或隐球菌脑膜炎患者则可表现为脑脊液的异常改变不明显，甚至无明显的异常表现。
1.单纯疱疹病毒性脑炎：由于单纯疱疹病毒感染所致，会出现高热、头痛等症状，并且伴有精神状态变差和癫痫发作等现象。一般在早期症状比较轻微时，可能会误诊为上呼吸道感染或者胃肠型感冒，所以需要及时到医院就诊并完善相关检查，在确诊后可以遵医嘱使用阿昔洛韦片等抗病毒药物治疗。
2.肠道病毒性脑炎：属于急性疾病，主要由肠道病毒感染引起，会导致突发高热以及头痛、呕吐的症状。若病情较为严重还会诱发抽搐、昏迷等情况发生，但通常不会导致脑部受到影响。因此在发病期间做脑脊液检查也可能是正常的，需要配合医生服用利巴韦林颗粒等抗病毒类药物治疗。
3.柯萨奇病毒性脑炎：会表现出发烧、流口水、身体乏力等多种不适症状，随着病情加重会引起惊厥、失语症以及四肢瘫痪等多种并发症的发生。当病情较轻时，脑脊液检查的结果也可能为阴性。此时建议遵医嘱应用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚片等非甾体抗炎药予以缓解。
4.流行性腮腺炎病毒性脑炎：该病是由腮腺炎病毒感染所造成的一种中枢神经系统感染性疾病，其临床症状包括发热、头痛、咽喉痛等。如果患病时间较长，而且没有及时接受治疗，容易使脑组织受到损伤，从而影响到正常的生活质量。但是这种病毒并不会直接损害神经细胞，所以在做脑脊液检查时多数情况下呈阴性反应。
5.结核性脑炎：是一种严重的传染病，主要是结核杆菌感染造成的，会导致患者出现低烧、头晕目眩、恶心呕吐及嗜睡等症状。若未及时治疗，还可能出现偏瘫、失语、痴呆等后遗症。虽然此病会对机体产生较大的危害，但是在发病期间做脑脊液检查的时候，大多数都会显示为阴性的结果，很难判断是否存在结核性脑炎的情况。
此外，还有其他的可能性，比如隐球菌脑膜炎。对于此类情况，需结合实际情况分析，必要时应再次复查。
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