如果患者有幽门梗阻、食管狭窄或贲门失弛缓症等消化道动力障碍性疾病，或者存在精神疾病的患者不能配合操作，以及严重心肺疾病无法耐受麻醉等情况，则不建议进行消化道内镜检查。此外，对于碘过敏者也不宜做此检查。
一、相对禁忌证
1.幽门梗阻：由于各种原因导致胃出口发生梗阻，如幽门附近的溃疡瘢痕粘连、肿瘤浸润等，此时不宜行上消化道内镜检查，以免出现恶心、呕吐等症状而造成窒息的情况。
2.食管狭窄：当存在良性病变时，如先天性食管壁肌层缺损、贲门失弛缓症、Barrett食管等，此类情况在内镜下治疗效果不佳，因此不适合做消化道内镜检查。如果是恶性肿瘤，如食管癌，可在内镜下取活检明确诊断，但通常不适合在内镜下切除。
3.贲门失弛缓症：是位于食管和胃交界处功能障碍所致，会出现吞咽困难、食物反流等症状，在内镜下可发现贲门括约肌痉挛，无法开放，所以不适合做消化道内镜检查。
4.其他情况：部分患者可能存在消化道出血、急性感染性疾病及穿孔等，均不宜进行消化道内镜检查，避免加重原发疾病。
二、绝对禁忌证
1.精神疾病的患者：若在检查过程中出现不适症状，如剧烈咳嗽、憋喘等，可能会影响医生的操作，甚至会导致生命危险。
2.严重的心肺疾病：如慢性肺气肿、支气管扩张、COPD(慢性阻塞性肺疾病)、哮喘、重度贫血、冠状动脉粥样硬化性心脏病、心力衰竭等，可能会增加呼吸道感染的风险，而且严重的呼吸系统疾病容易引起误吸，从而诱发肺部炎症反应。
3.其它情况：肝、肾功能异常，尤其是血清白蛋白降低；凝血功能障碍或长期服用抗凝药物；妊娠期妇女禁用；患有结核病史者；重症肌无力患者；有消化道运动障碍性疾病，如糖尿病引起的自主神经病变，影响了肠道蠕动等功能失调，都可能导致消化道内镜检查失败。
一般情况下，消化道内镜检查前需要禁食8小时以上，以防止食物残渣进入胃腔干扰观察。另外，为了减少胃酸分泌，还可以遵医嘱口服奥美拉唑镁肠溶片等抑酸药，减轻对黏膜的影响。
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