对于复杂性尿路感染的患者而言，通常需要进行药物治疗、手术治疗等。而具体如何用药以及选择何种类型的抗生素，都需要在医生指导下根据药敏试验结果来决定。
一、药物治疗
1.抗菌素：一般建议使用广谱抗菌素联合磺胺类药物或呋喃妥因进行治疗，如头孢曲松钠、左氧氟沙星、阿莫西林克拉维酸钾、磷霉素氨丁三醇等。但要注意的是，在应用抗菌素前要先做细菌培养和药敏试验，再针对性的选择敏感的抗菌素进行治疗。另外，还要注意避免滥用抗菌素的情况出现，以免导致耐药情况的发生。
2.抗结核药物：如果是由结核杆菌引起的复杂性尿路感染，则需遵医嘱服用异烟肼、利福平等抗结核药物来进行治疗。
3.抗真菌药物：如果是由于念珠菌属、隐球菌属等致病菌所引起时，则可选用伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B等药物进行治疗。
4.止痛药物：若合并有明显的疼痛症状，则还需配合医生给予布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体类解热镇痛药进行缓解。
5.其他：若同时伴有排尿困难等症状者，还可加用α受体阻滞剂以扩张后尿道，从而改善梗阻的症状；若有明显发热、寒战等情况，则应静脉滴注糖皮质激素类药物，如地塞米松、泼尼松等进行退热处理。
二、手术治疗
当病情较为严重且经上述方法治疗无效者，还应及时到医院采取手术的方法进行治疗，比如输尿管镜术、经皮肾镜取石术等。
除此之外，平时还需要做好个人卫生护理工作，并适当增加饮水量，促进体内代谢废物排出。必要时也可通过中药辅助治疗，例如湿热下注型可以清热利湿为主，常用四妙丸合萆薢分清饮加减；气血瘀滞型则以活血化瘀为主，可用血府逐瘀汤加减；阴虚火旺型则以滋补肝肾为主，常用知柏地黄丸加减等。
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