若因疾病原因导致阴茎短小，通常经过积极治疗原发病即可改善阴茎的发育，如先天性阴茎发育不良、后天性阴茎损伤、性功能障碍等，需积极就医，进行相关检查，明确诊断，再根据具体情况进行治疗。
1、先天性阴茎发育不良：多与遗传因素有关，若患者在青春期时，由于下丘脑-垂体-性腺轴功能障碍，导致性激素分泌不足，阴茎无法正常发育，可通过促性腺激素治疗，增加雄激素，促使阴茎增大，也可选择在医生指导下使用雄性激素类药物进行治疗;
2、后天性阴茎损伤：多与外伤有关，若患者出现阴茎折断，导致阴茎海绵体供血障碍或者出现尿道损伤，影响阴茎海绵体的供血，导致阴茎无法达到正常大小，可及时采取手术修复，并遵医嘱使用抗菌药物预防感染，如头孢地尼、头孢克洛等，必要时需进行阴茎修复手术，帮助阴茎增大;
3、性功能障碍：多与心理因素有关，如新婚后出现焦虑、紧张、不安等情绪，导致性欲或者性能力下降，无法达到正常成年男性的生理需求，可在医生指导下使用药物进行治疗，如5-磷酸二酯酶抑制剂等，必要时可选择阴茎假体植入术等方式进行治疗;
4、其他原因：如糖尿病引发的末梢神经炎，导致阴茎海绵体无法达到正常充血量，可在医生指导下使用降糖药物，如二甲双胍、胰岛素等，当血糖控制到正常后，阴茎有可能会恢复正常。
此外，从中医角度来说，阳痿、早泄等疾病也可能导致阴茎短小，需及时就医针对具体病因进行治疗，可能还需进行心理疏导，以改善性功能，如果早泄症状较为严重，无法进行正常性生活，可在医生指导下选择盐酸氟西汀、舍曲林等药物进行治疗。
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