扁平苔藓预后一般良好。可呈持续反复发作过程，病损可长期稳定于某个病变阶段，亦可逐渐自行缓解或起伏波动，甚至扩大蔓延加重。
关于癌变问题自1910年Hallopean第一次报告癌变病例以后，讨论逐渐增多。Pindborg认为其属于癌前状态，癌变年龄多在中年以上，糜烂溃疡病损易发生癌变，在斑块和萎缩性病损中也可见到。癌变原因多认为与长期刺激有关，如烟、酒、念珠菌感染等。癌变率各学者报告很不一致，由0.4％一12.3％。很多学者对扁平苔藓为癌前损害的结论尚有异议。有人提出原诊断扁平苔藓病理学根据不足，因癌肿发生在远离扁平苔藓部位。多数学者意见是扁平苔藓大多处于良性过程，应对长期糜烂、溃疡、斑块型扁平苔藓进行追踪，必要时进行活检或手术切除。
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