临床上对于大多数的男性非淋菌性尿道炎患者来说，在经过积极有效的药物进行抗感染治疗之后，病情可以得到治愈。而对于少数症状比较严重或者是病程比较长的患者，则需要采取一些辅助措施来促进恢复。
一、一般治疗
1.避免不洁性生活：如果在患病期间仍然存在有高危的性行为，就有可能会导致交叉感染的情况发生，因此一定要注意避免不洁性生活。
2.保持局部清洁卫生：日常生活中要注意个人卫生，勤换内裤，并且经常对会阴部位进行清洗，以免细菌滋生而加重炎症反应。
3.饮食调整：建议适当多吃富含蛋白质和维生素的食物，如瘦肉、牛奶等，以增强体质，提高机体免疫力，也有利于疾病恢复。
二、药物治疗
1.抗生素类药物：由于引起该疾病的主要致病菌是支原体以及衣原体，所以通常可以在专业医生指导下使用大环内酯类抗生素药物来进行治疗，比如罗红霉素胶囊、阿奇霉素分散片等。
2.四环素类药物：如果是属于敏感菌所引起的非淋菌性尿道炎，也可以遵医嘱使用米诺环素、多西环素等药物进行治疗。
三、其他方法
部分慢性非淋菌性尿道炎患者的病情迁延难愈，可能与自身免疫功能低下有关，此时可应用肾上腺皮质激素类药物，如强的松、地塞米松等，提高机体免疫能力，有助于缓解临床症状。
此外，若经综合治疗后效果不佳或无效者，应考虑合并有生殖器疱疹的可能性，需及时就医明确诊断并给予针对性处理。同时还要注意的是，由于该疾病的传染性强，所以在未完全治好之前，不宜进行性生活，以免出现交叉感染情况。
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