孕妇尿结石在治疗方面，对大多数孕妇来说，首选的是保守治疗。通过采用多饮水、卧床休息、服用止痛药等比较温和的方法，有50%~80%结石可以自行排出。但在妊娠的头3个月，应避免使用一些可能对胎儿有影响的止痛药，如可待因、美沙酮、非甾体类抗炎药物如吲哚美辛等。
孕妇尿石症对于有严重腰痛或腹痛者，多数情况下麻醉止痛是安全的，既可口服，亦可胃肠外使用麻醉剂，常用的哌替啶和吗啡，未发现引起胎儿致畸的报道。对严重腰痛或腹痛但不合并有恶心、呕吐者，还可使用连续硬膜外腔麻醉以缓解输尿管痉挛及绞痛，促使一些上尿路结石排入下尿路甚至体外。不宜过早地采取过于积极的处理，尽可能不用诸如总攻疗法这样强有力的治疗措施。对明显由于梗阻引起的感染，必须及时处理，以免引起自发性流产。
孕妇尿石症治疗中必要时可放置输尿管内支架，通过术中B超确定支架的位置。只有20%～30%的病人需要在妊娠期间进行药物治疗。通常用来预防结石形成的药物，如噻嗪类药物、黄嘌呤氧化酶的抑制剂、青霉胺，对胎儿都有一定的不良影响，也应避免使用。
对于严重腰痛或腹痛合并泌尿系感染或全身感染者，应选择安全、适当的抗生素予以抗感染治疗。对需要进行体外冲击波碎石者，最好使用B超定位的碎石机，以避免对孕妇和胎儿产生不利影响。
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