临床上治疗非淋菌性尿道炎的方法主要有药物治疗、行为疗法等。由于致病菌类型不同，所以治疗方法也不相同。
一、药物治疗
1.抗生素类：如大环内酯类的阿奇霉素和克拉霉素；喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星；头孢曲松钠、头孢呋辛钠等，这些药物对支原体、衣原体感染引起的非淋菌性尿道炎有较好的疗效。
2.四环素类：常用的药物包括米诺环素、多西环素、美满霉素等，这类药物对于革兰氏阴性杆菌的效果比较好，也可以用于治疗非淋菌性尿道炎。
3.氨基糖苷类：常用的是链霉素进行治疗，但此类药物副作用较多，现在临床中已经很少使用。
4.抗病毒药：如果患者是因病毒感染所引起，则需要通过口服抗病毒药物来进行治疗，比如阿昔洛韦或更昔洛韦等。
5.其他：若患者的症状较重，必要时可采用静脉给药的方式进行治疗，常见用药包括青霉素以及头孢曲松钠等。
二、行为疗法
主要是指让存在不洁性生活的患者改掉原有的不良习惯，并且在治疗期间避免同房，以免出现交叉感染的情况。
当男性发现自己存在尿频、尿急、尿痛等症状后，建议及时到医院就诊检查是否存在非淋菌性尿道炎。平时要注意个人卫生，勤换洗贴身衣物，尽量选择宽松舒适的棉质内衣裤。
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