与其他人不同，他患的是甲型H1N1流感，墨西哥在将近一个月之后才确认了这一点。起初，墨西哥的流行病研究机构注意到的是看起来与此次流感没有任何关系的现象。4月7日，墨西哥诊断与参考流行病学研究所(InDRE)的研究人员听说墨西哥国家呼吸疾病研究所收治了一批年轻的重症肺炎患者，同时有传言说还有一些病例患的不是肺炎，而像是流感。他们随即对流感数据进行了分析，结果令他们十分困惑：在这个流感季节中，37%的患者得的是乙型流感，而去年只有15%。
诊断与参考流行病学研究所是墨西哥最好的流感研究所，3月份发生在拉格洛里亚镇的疫情并没有被立即送到该研究所进行分析。因为维拉克斯州的流行病专家在研究拉格洛里亚镇疫情的时候没有发现什么异常现象。实际上，他们所拥有的设备和检测手段只能分辨出甲型和乙型流感，并不能检出流感的亚型。
4月1日，拉格洛里亚镇的儿童开始出现流感症状，两天之后州流行病专家提取了样本。4月4日，公共卫生州立实验室对样本进行了检测，到4月8日，样本才抵达诊断与参考流行病学研究所。
在这个研究所的实验室里，研究人员分离出了三种流感毒株，一种是H3N2，一种是乙型的，还有一种他们无法确定，他们认为可能是H1型的。美国《科学》杂志在对该实验室主任西莉亚·阿尔帕齐(Celia Alpuche)的采访记录中称“她坦率地讲述了她实验室的局限性”。这种无法确定类型的流感病毒并未引起他们的担心，因为他们认为当时拉格洛里亚镇的疫情已经得到了控制。而且他们此时也并不知道位于美国和墨西哥边境附近的圣地亚哥和帝国郡出现了两例甲型H1N1病例。
4月21日，研究所将病毒样本送往加拿大国家微生物实验室和美国疾病预防控制中心寻求帮助。此前，阿尔帕齐已经从美国疾控中心发给她的一份报告预印本中得知了加利福尼亚的病例。加拿大的科学家是在下午3点收到样本的，到了午夜他就给阿尔帕齐打来电话说检出了甲型流感病毒。到了23日下午，加拿大科学家将病毒亚型确定为H1N1。尽管样本从墨西哥向美国疾控中心的运送过程比向加拿大的多耽搁了一天，美国疾控中心还是在同一天晚上在电话会议中宣布了相同的检测结果。
4月28日，墨西哥政府确认埃尔南德斯是墨西哥发现的最早的“猪流感”患者。由于有的医生认为他可能是流感的源头，因此称他为“零号病人”。
诊断与参考流行病学研究所是墨西哥全国惟一一个能检测流感病毒亚型和进行基因测序的机构。“我们被来自全国的流感样本淹没了。”阿尔帕齐在接受《科学》杂志采访时说，“我们，以及所有的卫生部门，都尽了最大努力、以最快速度确定这个(病毒亚型)。”尽管如此，一些墨西哥当地和外国媒体仍然认为墨西哥的卫生机构在“猪流感”疫情上反应迟缓。
直到4月底，墨西哥这家最先进的流感实验室才在美国疾控中心和加拿大的帮助下安装了一台实时PCR仪。这种仪器使得过去需要几天才能完成的基因检测鉴定在几小时内就能完成。
到底是谁传给谁?
世界卫生组织(WHO)4月24日确认墨西哥发生流感疫情，并将这种流感称为“猪流感”。这一名称随后带来了诸多误解。实际上，在美国和墨西哥接连出现甲型H1N1流感患者的同时，并没有发现任何猪只在感染或传播这种病毒。
直到5月2日，情况才发生变化。加拿大阿尔伯达省一家养猪场的2200头猪里有220头被发现感染了流感，基因分析发现流感病毒基因与人身体中的甲型H1N1病毒非常接近。不过，这些猪并不是病毒的源头;相反，它们是被人感染的。
养猪场的一名工人4月12日从墨西哥返回加拿大，并于两天后投入工作。他回国之后出现了流感症状，加拿大的研究人员认为他可能将甲型H1N1流感病毒传染给了猪。
一种担心认为，假如甲型H1N1病毒在猪的体内再与其他亚型的流感病毒，比如H5N1病毒，发生重配，后果可能是灾难性的。“任何时候，不光是在现在的情况下，我们都知道这是一种适应性非常非常强的病毒，它随时可能与人、猪或鸟类的流感病毒重新混合。这是我们正在持续关注的。”加拿大首席公共卫生官巴特勒-琼斯(Butler-Jones)5月2日在新闻发布会上说。
他同时还说，这种病毒并不是一种猪病毒，因为我们没有看到它在猪之间传播，将它称为“猪流感”是因为它基因片段的大部分来自于猪。“但是它是在猪体内发生的突变，还是在人体内某些因素契合的时候发生的突变，我们并不知道。”
“我们可能永远都不会知道。”他说道。历史上，1918年大流感究竟是鸟传给人的还是猪传给人的，迄今没有确切的结论;SARS的起源也有许多不同的说法。
墨西哥发生流感疫情后，一种主流的说法是，新病毒混合了猪、人和禽流感的基因片段。但这种说法让哥伦比亚大学的拉巴丹及其同事感到莫名其妙。拉巴丹等人研究的结果显示，H1N2和H3N2型流感病毒都对新病毒的基因有贡献，而这两种亚型的猪流感病毒都是在1998年之后在北美发现的。“(其中)来自 1998年和1999年的H3N2猪流感病毒的确是三者重配而成的，但自那以后所有相关的分离物都只是在猪身上发现的。”他评论说。
1998年，一种高致病性的流感病毒开始在美国北卡罗莱纳州怀孕的母猪之间传播，这种病毒后来传播到了得克萨斯州、爱荷华州和明尼苏达州更多的猪身上。当时科学家曾担心这种新的病毒会在人群中暴发，但这种担心并没有成为现实。
拉巴丹及其同事对甲型H1N1病毒基因进行的分析表明，该病毒的近代祖先都是在猪身上发现的病毒。至于为何没有发现新病毒在猪群中传播，拉巴丹认为，“现在不清楚这是因为对猪群的监测不够，还是因为这种病毒是在一次非常晚近的重配事件中产生的。”
另一名来自美国马里兰大学的计算生物学家史蒂芬·萨尔兹堡(Steven Salzberg)也是以上结论的发现者之一，他表示不会因为暴发流感而责备养猪场，因为猪流感在猪之间是非常常见的。他真正想做的是了解甲型H1N1病毒谜一样的出身。
（责任编辑：龙艳）
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