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肛瘘的治疗分为非手术治疗和手术治疗。非手术疗法主要通过药物控制感染，减轻症状，但不能彻底治愈；或一时相对治愈，很容易复发。手术的目的是为了清除感染的肛门腺，将瘘管内感染的异物清除，这是治疗的关键。
非手术疗法包括内治法和外治法。
(一)内治法
1．清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用活血透脓散加减。
2．清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3．养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4．补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
(二)外治法
1．外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗，
2．外敷法：肛瘘急性期可用金黄膏等外敷。
(三)手术疗法
手术原则：
1．正确寻找瘘管内口，是手术成败的关键
将左手食指伸入肛管内，指尖按在齿线上可疑内口处作引导，右手持探针，由外口轻轻插入，寻求内口。切忌用力过猛，以免造成假道。必要时，可经外口注射色素溶液，从粘膜染色处可以测定内口的位置。临床常用l％龙胆紫双氧水溶液，或1％亚甲蓝双氧水溶液。如为蹄铁形或高位肛瘘，管道弯曲成角，很难一次探得内口，应逐步将管道切开，逐步探查。经细致探查，仍不能找到内口时，可将有可疑的肛窦作为内口，在切开瘘管时加以切开，并将肛窦周围的组织适当修剪或切除，使引流通畅。
2．关于肛管直肠环和肛门括约肌切开处理的几个问题
在肛瘘手术中，括约肌的处理是一个比较复杂而重要的问题，处理不当就可能导致肛门失禁的严重并发症。因此，除熟悉肛门括约肌的解剖知识和明确瘘管与括约肌的关系外，还必须掌握肛门括约肌切断原则和方法。肛管直肠环的后方与侧面由耻骨直肠肌构成，前方则由外括约肌深部组成，肛管直肠环再加上外括约肌的浅部，共同维持着肛门功能的完整性。在手术时，若斜行切断或一次同时在两处切断外括约肌浅部或深部纤维，或一期切断肛管直肠环，都会严重影响肛门括约肌的功能，而导致术后肛门失禁。在手术中，括约肌的处理原则和方法如下：
(1)瘘管通过外括约肌皮下部者，一期切断或切除瘘管累及的外括约肌皮下部纤维，不会发生肛门失禁。
(2)瘘管通过外括约肌浅部或外括约肌浅部与深部之间的，可按肌纤维的垂直方向将外括约肌浅部切断，但不能斜行切断，亦不能切除瘘管周围的括约肌组织。
(3)瘘管通过肛管直肠环或内口，在该环的上方或不能明确与肛管直肠环的解剖关系者，都应采取二期切断术，即切断肛门外括约肌浅部、皮下部，切开或切除其下方的瘘管，然后用橡皮线从残留的瘘口穿入，经内口引出，扎紧在肛管直肠环上。利用橡皮筋的勒割作用，使瘘管壁和其下方组织绞窄、缺血坏死而缓慢勒开。此时，因括约肌纤维与周围组织粘连固定，勒断面不会突然回缩而分离太远，因此术后不致影响括约肌的功能。
(4)括约肌只可切开，而不可切除一段。
(5)括约肌只能在一处切断，切忌一次切断两处。若有两个以上瘘管同时存在或有两个内口的复杂性肛瘘，则只好分期手术，或一处切开，一处挂线或两处同时挂线。
(6)括约肌切开后，创面底部的纱布不宜填塞过多过紧，以免括约肌断端分离过远。在术后24～48小时，应将填塞的纱布取出，使括约肌断端靠近，有利于其早期愈合及功能的恢复。
3.关于肛尾韧带的切断问题
如加倍注意，可以纵切开，不能横切断。如需要横切断肛尾韧带，一定要将切断的韧带缝合固定，避免造成肛门塌陷和向前移位。
4．关于瘘管内口和肛管部位瘘管伤口开放引流问题
要求肛管内伤口小，外部伤口大，使其引流通畅，肉芽组织由伤口底部向上生长．再由伤口生长上皮，以二期愈合方式使伤口愈合。因为肛门部常有粪便通过，不易保持清洁，更不易达到无菌。而开放引流伤口，可缝合一部分瘘管，以加速伤口愈合。但内口和
肛管部位伤口不能缝合．一定要敞开，充分引流，防止复发。
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