紧急避孕药的避孕机制，主要是抑制排卵和阻止孕卵着床，从而发挥速效避孕的作用。使用过紧急避孕药的女性一般都会有恶心、呕吐的情况，有的还会出现乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，比较大的影响是月经改变。
无论是哪种成分的紧急避孕药，都含有大剂量的孕激素，为的是迅速起到抑制排卵的作用，但同时会使宫颈黏液变黏稠，还会影响子宫内膜改变。特别是对于少女而言，多次服用紧急避孕药容易使月经紊乱，加上少女的一些内分泌生殖器官还未发育成熟，如果服避孕药的话，会对卵巢、子宫的发育（包括性激素的发育）都有不好的影响。而最终的影响，则是由于内分泌紊乱，对卵巢造成不可逆的影响，甚至造成卵巢提前“衰老”。所以，紧急避孕药并不能作为一个常规的避孕手段，一年使用不应超过3次。
但是，有些人是不能服用紧急避孕药的，如急、慢性肝炎或肾炎患者。由于激素类药物要在肝脏代谢，从肾脏排出，紧急避孕药由于都含有大剂量孕激素，无疑会加重肝肾功能负担。另外，紧急避孕药会使凝血功能亢进，增加血栓形成的危险，使血糖升高，影响甲状腺功能。所以，各种血液病、血栓性疾病、糖尿病、甲状腺功能亢进等患者均应避免应用。妇科肿瘤、乳房疾病等激素依赖的疾病患者，应该禁止使用紧急避孕药。
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