正颌正畸手术是正畸科医生与颌面外科医生联合诊断和治疗的过程，同时可能涉及其他口腔及全身健康问题。因此，要经过以下几个步骤分阶段进行：
①正颌手术大多采取全身麻醉，属中大型手术。因此术前应使一些不利手术的全身健康因素得到控制，如高血压病、糖尿病等应在内科治疗取得病情肯定控制后方可手术。对手术前用药情况也应得到必要的监控。
②术前应治疗口腔的其他疾病，如龋齿、牙周病等，拔除不宜保留的病患牙。
③术前正畸治疗。通过排齐牙列、改变牙齿的倾斜度和高度、消除咬合干扰等，可使颌骨手术更易进行，可缩小手术范围，减少截骨块数，便于骨段的移动和拼接，并可缩短手术时间，减少术中出血和创伤，取得更好的手术效果。
④正颌外科手术。按照术前方案完成颌骨手术后，一般应用正畸方法使用颌间固定唇弓和咬合板进行术后结扎固定或牵引，使颌骨在术前设计好的理想位置上愈合。如骨块采用钢丝结扎固定，则骨愈合时间约需6～8周，然后才开始进行术后正畸。
⑤术后正畸治疗。目的在于使颌骨手术不能同时完成的牙牙A问题得到最后的精细调整，如进一步排齐牙列、消除术后出现的咬合干扰、关闭牙列中剩余间隙、恢复上下牙弓的正常关系等。
正畸与正颌外科联合矫治是现代口腔医学的系统工程，只有医患双方密切合作，才能取得令人满意的预期效果。
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