反颌矫正有感染、上下颌骨骨折、出血及术后血肿、神经损伤、双侧不对称、效果不理想等后遗症。
反颌矫正后遗症主要如下：
① 感染：任何手术均有感染的可能，尤其是在口内切开的术式，进食等原因均会增加感染的可能，术后应遵医嘱服用抗生素5-7日。
② 上下颌骨骨折：在用截骨器敲打骨凿截除较硬的骨组织时，用力过猛很有可能造成骨折。
③ 出血及术后血肿：截骨时出血较多，易形成淤血。
④ 神经损伤：在逐层剥离的过程中有可能造成神经的损伤。
⑤ 双侧不对称：在截除骨组织时，有可能造成双侧骨的不对称去除。
⑥ 效果不理想：术中有可能截除的骨组织过多，造成其他类型的畸形，也有可能截除过少没有达到理想的效果。
⑦ 同时，上颌骨前移后，面中份凹陷也得到明显改善。个别受术者在反颌畸形矫正后，如果出现鼻部较低的情况，可通过隆鼻手术进一步增加面中份的立体感。
⑧牙齿变松动：此种情况也是比较典型的反颌矫正后遗症，因为在正常情况下，每个牙都有一定的生理动度以便能缓冲咀嚼压力，防止牙齿受创伤。在做矫正治疗时，牙齿松动度增加，这是正常反应。牙齿要移动，需要牙槽骨和牙周膜的重建，因为牙齿是靠牙周膜固定在牙槽骨里，这样牙齿就会变松动。
⑨对牙根的影响：这也是比较常见的反颌矫正后遗症，这是因为在进行牙齿矫正时，牙根表面也发生着吸收、增生这种重建活动。治疗后，牙根凭着自身修复能力而恢复正常，但如果治疗加力过大，会增加牙根吸收的危险性。
总之，任何手术都会有风险，进行反颌矫正也不例外，不过反颌矫正后遗症相比于反颌的危害来讲是要少的。
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