江苏省食品药品监督管理局注重从源头抓起，推进权力阳光运行机制、公开行政权力、公开行政处罚信息等基础工作的开展，完善监督制约机制，增强自我约束能力。
一是坚持查审分离和重大案件审理机制。制定《江苏省食品药品监管系统查处药械违法案件暂行规定》，进一步加强案件管理，坚持调查和审理相分离的原则，推进调查和审理部门衔接配合，达到相互监督、相互制约的目的。同时，建立重大案件集体审理的制度，规定责令停产停业、吊销许可证、撤销批文或较大数额罚款的行政处罚案件必须经局案审会讨论决定。
二是强化案件督查督办。在《药品监督稽查督察工作管理办法》的基础上，出台《江苏省食品药品案件督办管理办法》，对督办范围、办理程序、督办措施进行了详细规定，对加大重大案件的查处和规范督办行为起到了积极作用。
三是加强对案件办理的考核。出台《江苏省药品监督稽查工作考核办法》，重点对案件线索管理、案件调查处理、重大案件上报和案卷存档管理等方面进行考核，充分发挥考核评价的工作调控、激励先进、鞭策后进的作用。
四是加强执法监督。积极推进行政权力公开，依照行政权力事项分类标准，以现行法律、法规和规章、部门“三定方案”和法律法规授权为依据，填制行政权力事项汇总表，绘制权力运行流程图，共梳理出行政处罚权力事项353项、行政强制19项，进一步规范了执法程序和细化了执法流程。
五是推行行政执法责任制。联合纪检监察部门围绕分解执法职责和落实行政过错责任追究等重点环节，深入推行行政执法责任制。建立行政执法廉政监督卡制度，通过加强内部监督、层级监督和综合监督，做到执法权力行使到哪里，执法监督工作就延伸到哪里。
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