我国西成药、医院的诊断治疗设备等高附加值产品出口增幅明显高于原料类产品，在出口总额中的比重大大增加，其前景十分广阔，但是我国医药外贸行业转型升级仍面临诸多挑战。
由于我国制药行业处在转型升级时期，药品质量的提高及新型药物制剂的发展，对新型药用辅料的需求将大幅增长。目前，国家有关部门已将越来越重视药用辅料行业的发展。在工信部发布的医药工业“十二五”规划中，“加强新型药用辅料的开发”被作为当前的主要任务和重点发展领域。
由于相当多的制药装备生产企业不具备试验条件，寻找最佳工艺路线与高效的困难多，难度大，使得部分制药装备的先进性潜能不能即时有效地发挥。
除此之外，现在部分制药装备企业步入竞相压价销售的误区，出现了零首付、使用后再付、低于成本价销售等情况，产品利润低导致企业资金周转困难，更无力投入技术开发与创新，对企业、行业的技术进步健康发展不利，一些企业为了降低成本，偷工减料，低档配置，出现了不能确保整机质量和售后服务差等弊端，降低了我国制药装备的国际信誉。
尽管转型升级面临诸多挑战，但一些原料药企业仍然逐渐树立起自身品牌，所生产的原料药质量和价格亦逐步得到国际市场认可。因此，其他医药企业仍需要坚持不懈努力。要通过提高质量标准，给跨国制药公司做供应商，不断提升产品的质量和口碑。
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