甲流与季节性流感在2009年秋冬季交汇，第二波疫情来势汹汹。动员重点人群接种甲流疫苗和及早发现救治重症病例、降低病死率成为甲流防控重点。卫生部通知要求，各地如实申报重症及死亡病例，并向定点医院下放甲流检测权。
非典：先期隐瞒
2002年11月6日，首例非典患者在广东发病后，非典疫情迅速在中国南部蔓延，并于2003年3月传入北京，大肆传播。由于一些政府官员刻意隐瞒疫情，媒体也鲜有报道，不但疫情得不到有效控制，一时间传言四起，人心浮动。
“2003年3月7日，中国的专家与世卫组织专家见面时，还不知道该不该和他们说疫情的事。后来卫生部决定，由我来说，因为我本身也是世卫组织的专家。北京疫情严重后，相关统计都是保密的，被写在巨大的本上，而不是电脑上。”国家疾控中心流行病学首席专家曾光回忆当时信息公开过程的艰难。
2003年4月20日，对于中国的非典疫情应对，是一个重要的转折日。国务院新闻办公室就SARS问题举行新闻发布会，并经由中央电视台和新华社发布消息：公开疫情，免去张文康的卫生部党组书记职务，免去孟学农的北京市委副书记职务。次日，卫生部决定，每日公布各省区市SARS疫情，包括诊断病例、疑似病例。
4月29日，温家宝出席了在泰国首都曼谷举行的中国-东盟峰会。在这场关于SARS的紧急峰会上，温家宝说：“一个负责任的政府”应该表现出“坦率的精神”。
黄建始
传染病分级的调整是一个水道渠成的过程。最初阶段，对甲流尚无很明确的认知，就要用较为谨慎的态度进行防控。后来对甲流的认识逐渐清晰，就要根据认知科学地调整防控策略，传染病分级也就随之进行调整。这是防疫专家与社会各界达成的共识。
应急体系
甲流：运行成熟
2009年4月22日，美国加利福尼亚出现“猪流感”病例。凭着敏锐的专业触觉，中国CDC于次日将疫情上报卫生部。组织专家判断局势、成立领导小组、对地方疾控中心进行相关培训……一系列应急准备工作在一周内全部完成。当时，中国大陆地区尚无一例非典患者。
在甲流防控过程中，卫生防疫部门与医疗机构间的磨合更加密切。
甲流患者的筛查，主要依靠设立在医疗机构(主要是发热门诊)的流感监测哨点。当判断患者达到一定临床指征时，采样送CDC进行相应诊断。最终触动一整套应急防控体系。
应急体系建立于2004-2007年，公卫专家习惯用“一案三制”的应急管理模式和一个常备不懈的组织体系来概括它。所谓一案，即应急预案;三制即体制(组织管理架构)、法制(依法规范应急管理行为)、机制(通过制度将社会和行政行为协调统一到应急管理目标中的总体过程)。
在组织体系方面，地方卫生防疫由卫生监督所和疾病预防控制中心两个系统负责，均直属地方卫生局，形成了网络化的疾病预防控制体系，成立了全国卫生应急办公室。
非典：尚未建立
2002年11月，广东出现第一例非典患者时，尽管患者的几位近亲相继发病，仍然没有引起关注。直到2003年1月2日，广东省卫生厅才接到第一份报告“重症肺部感染患者引发7名医护人员感染”的传真函。
20天后，中国CDC应广东省疾控中心请求，派专家赴广东协助处理不明原因急性呼吸道感染性疾病疫情。当时成立仅一年的中国CDC尚处于人事建构之中，面对非典疫情的萌芽，并没有能力进行准确判断和迅速反应。直至2003年4月24日全国防治非典指挥部在京成立，抗击非典工作逐步走上正轨。非典发生前，全国共有卫生防疫站3580个，专科防治院(所、站)1839个，各级卫生监督所571个，有卫生防疫人员28万多人。这种自上到下、相对独立的专业防疫体系是为了应对日常防疫工作，与“应急”二字毫不相关。
张中和
从甲流防控来看，我国的公卫突发事件应急体系还是存在一些问题的，比如疾控中心与医院临床分属两个体系配合不好等问题。在甲流防控之初，我们更多地关注了发热患者，而忽视了对轻症状，乃至无症状的“隐匿性感染”传播人群的把握。如果能够更早地利用流感监测哨点，对各地散发的甲流抽样监测，那么对10月之后的暴发流行可能会有一个更从容的应对。在甲流发生后期，对重症病例存在瞒报的现象，其中很重要的原因是，在甲流防控过程中，仍存在一定的政治因素。如果临床上有甲流病例死亡，医生和医院会承受很多压力，影响了基层上报的主动性。如果将甲流病例的筛查和诊疗单纯视为一种科学数据的搜集，相信很多瞒报就不会出现了。
按疾病找