甲型肝炎主要由粪－口（或肛－口），通过消化道传播的甲肝病毒而得病。
人类感染甲肝病毒后，首先在消化道增殖，在短暂的病毒血症中，病毒又可继续在血液白细胞中增殖，然后进入肝脏，在肝细胞内复制繁殖。于起病前１－２周，甲肝病毒由肝细胞的高尔基氏体排向毛细胆管，再通过胆道进入肠腔，从大便排出。在甲肝潜伏期末和黄疸出现前数日是病毒排泄高峰。处在这个时期的患者，尤其是无症状的亚临床感染者，是最危险的传染源。他们的粪便、尿液、呕吐物中的甲肝病毒，如果未经过很好消毒处理，就污染周围的环境、食物、水源或健康人的手；另处患病者的手（如潜伏期的炊事员）及带病毒的苍蝇，也能污染食物、饮水和用具。一旦易感者吃了含有甲肝病毒的食品和未经煮沸或煮熟的污染饮水和食物，或生食用粪便浇灌过的蔬菜、草莓、瓜果等均可患甲型肝炎，引起暴发或散发感染。
个人生活卫生习惯不良，居住拥挤，人口稠密、环境卫生差的学校、工厂、农村、托儿所或家庭中，更容易发生甲型肝炎的感染和高度局限性流行；一旦水源污染可引起暴发流行。１９５０年瑞典及１９７８年我国均因食用泥蚶引起甲肝流行，１９７９年上海食用醉蟹引起过暴发，１９８８年因食用甲肝病毒污染的毛蚶引起大暴发，均是粪－口途径传播的实例。
近年国处陆续报道，滥用药物注射及同性恋者群体中，甲肝病毒抗体水平和查出率很高，在这些人群中甲肝病毒的传播途径主要通过肛－口或被污染的注射用具。
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