预防衣原体感染可使用含氯制剂、过氧乙酸制剂以及碘伏等进行物体表面和环境消毒。如果患者存在衣原体感染的情况，则需要及时遵医嘱应用抗生素类药物或抗病毒类药物治疗。
一、外用消毒剂
1.含氯制剂：如84消毒液、漂白粉等，由于其中含有一定量的活性氯离子，通过破坏细菌的蛋白质而起到杀菌作用，在临床中常用于餐具、衣物、皮肤黏膜及医疗器械等物品的消毒，也可对空气进行喷雾消毒，但一般不建议对织物进行消毒，以免损伤局部组织。
2.过氧乙酸制剂：是一种广谱高效杀菌剂，可通过氧化菌体蛋白使其变性，并且破坏细胞壁而发挥抗菌作用，因此可用于多种病原微生物的消毒，包括细菌、真菌、病毒等，也适用于室内的空气消毒，但通常不推荐浸泡织物，以免脱色。
3.碘伏：属于单质碘与聚乙烯吡咯烷酮的不定型结合物，具有较强的杀灭病原体的作用，临床上常用作皮肤、黏膜的消毒剂，也可以涂擦阴道、尿道口等部位，还可用作手术前的手部皮肤消毒。
二、内服消毒药
若为呼吸道感染衣原体导致咳嗽等症状时，可以口服阿奇霉素片、罗红霉素胶囊等大环内酯类抗生素药物，该类药物能特异性地抑制70%以上革兰染色阴性的需氧菌和部分革兰阳性需氧菌生长，如肺炎链球菌、支原体、沙眼衣原体等。另外对于出现发热症状者还可服用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等非甾体类解热镇痛药帮助降温，必要时还需选择糖皮质激素类药物，比如醋酸泼尼松龙片等。
三、其他方法
除上述常见的几种方式以外，还可以使用紫外线灯照射的方式进行消毒处理，其能够利用紫外线光波直接穿透细菌内部核蛋白，并吸收能量而使核酸结构遭到破坏，从而达到消灭致病菌的目的。此外，日常生活中还需要注意个人卫生，勤洗手，适当运动锻炼增强体质，均有利于预防衣原体感染的发生。
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