HPV感染可能会导致胎儿流产。HPV是指人乳头瘤病毒，目前已知的有200多种亚型，其中13-15种与女性生殖道感染有关。HPV感染在育龄女性中较为普遍，HPV感染类型中的高危型HPV长期感染与女性生殖道浸润性癌(宫颈癌)的发生有密切关系。HPV导致胎儿流产的机制尚未明确，可能与胚胎染色体、免疫系统抑制、宫颈局部免疫机制异常有关。
1、胚胎染色体：已知的能够导致胎儿染色体异常的高危型HPV有16型、18型、31型、33型、35型、39型、45型、51型、52型、56型、58型、59型、66型、68型及73型，其中13-15种与胎儿染色体异常有关，胚胎染色体异常可能会导致胎儿畸形、流产、早产等;
2、免疫系统抑制：对于母体免疫系统异常的孕妇，体内针对HPV的免疫蛋白减少，抑制正常免疫功能，而免疫系统通过细胞免疫和体液免疫的方式能够识别病毒，但是免疫系统功能亢进的孕妇，体内针对HPV的免疫蛋白会出现明显减少的情况，使孕妇更容易遭受HPV病毒的侵袭，可能会导致胎儿流产;
3、宫颈局部免疫机制异常：研究表明，HPV感染可能通过多种机制导致宫颈局部免疫机制异常，如抑制宿主免疫应答，促使HPV感染的细胞克隆增殖，而这种机制在HPV感染的孕妇中更为普遍。
若孕妇发生HPV感染，建议及时就医治疗，由于孕期使用抗病毒药物存在较多限制，因此尽量避免口服药物，可选择外用药物，如复方丙酸氯倍他索软膏、咪喹莫特乳膏等，这类药物通常不会进入血液当中，也不会对胎儿造成影响。
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