儿童性别认同障碍能否治好与病因有关。如果是遗传因素、环境因素等导致的轻症情况，一般可以治好；但若是染色体异常、基因突变等原因引起的严重情况，则可能无法完全治好。
1.轻度：若儿童出现上述现象是由于长期处于压抑环境中，或受到性侵害等因素所致，此时症状相对较轻，经过正规治疗后通常能够达到治愈的目的。建议家长及时带此类患儿前往医院就诊，并在专业医生指导下进行心理疏导和药物治疗，如使用氟哌啶醇片、利培酮片等药物控制病情发展。
2.重度：但如果是由染色体异常、基因突变等情况造成的儿童性别认同障碍，属于较为严重的疾病，目前临床上尚无有效的治疗方法，因此难以达到彻底根治的效果。对此需要配合医生选择合适的方法进行治疗，比如遵医嘱使用醋酸泼尼松龙注射液、静注人免疫球蛋白(pH4)等药物缓解不适症状。
日常生活中要注意做好护理工作，避免让患儿接触色情刺激的内容，以免加重病情。
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