革兰阳性菌和革兰阴性菌细胞壁的区别主要在于结构、包涵体、抗原结构等方面。
1、结构
革兰阳性菌和革兰阴性菌都是细胞壁的主要组成部分，革兰阳性菌细胞壁主要由肽聚糖和外层蛋白质组成，而革兰阴性菌则没有外层肽聚糖层。
2、包涵体
革兰阳性菌细胞壁的包涵体较大，有三层，外层是脂多糖，中层是蛋白质，内层是脂多糖。而革兰阴性菌没有包涵体，没有脂多糖。
3、抗原结构
革兰阳性菌细胞壁的肽聚糖层较多，有三种抗原，分别是核糖体、肽聚糖和外层蛋白质。而革兰阴性菌没有肽聚糖层，没有脂多糖层。
此外，这两者在分子结构方面也存在不同。革兰阳性菌的肽聚糖层较多，是革兰阳性菌的主要特征。而革兰阴性菌的肽聚糖层较少，是革兰阴性菌的主要特征。