一般情况下，胎停育孕囊萎缩不可以自然流产。
胎停育是指胚胎发育到一个阶段，没有形成胎儿而死亡的情况。如果孕囊停止发育，一般不会自然流产。患者可以在医生的指导下，通过清宫手术的方式进行治疗。手术后还要注意多休息，避免过度劳累。同时还要注意饮食健康，多吃一些营养物质丰富的食物，比如鸡蛋、瘦肉、排骨等，补充身体当中所需要的营养，促进身体的恢复。
如果在恢复的过程当中，患者出现了阴道大量出血、腹部疼痛等症状时，建议及时到正规医院进行检查并治疗，以免延误病情。在日常生活中，要注意阴道的卫生，及时清洗局部位置，勤换内裤，以免滋生大量细菌出现感染的情况。