西梅核含有氰甙类物质，因此具有一定的毒性。
西梅核中的氰甙类物质在摄入后可以水解产生氢氰酸，该化合物能够与细胞色素氧化酶中的铁离子形成稳定的复合物，从而抑制其活性。由于氢氰酸能够干扰细胞呼吸过程，导致机体缺氧，进而引发一系列中毒症状。如果摄入了大量西梅核或咀嚼核，则可能导致严重的毒性反应。
误食少量完整无破损的西梅核通常不会引起严重健康问题；但如果核被咬碎或咀嚼，则可能因释放出氰化物而导致急性中毒。
注意避免儿童接触西梅核，以防止意外吞咽，并确保在食用时充分检查食物中是否存在异物。对于出现疑似西梅核中毒症状者，应立即就医并告知医生近期所摄取的食物史。