滴眼药水眼睛疼可能是药物过敏反应、角膜炎、结膜炎、干眼症或异物感引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.药物过敏反应
当患者对所用的眼药水中的某些成分产生过敏反应时，会引发免疫系统的异常反应，导致眼部组织水肿和炎症。常见症状包括眼睛疼痛、红肿、瘙痒等。一旦确定是药物过敏引起的不适，应立即停用相关药品，并按医嘱使用抗组胺类药物如西替利嗪或氯雷他定进行治疗。
2.角膜炎
角膜炎是由细菌、真菌或病毒侵入角膜而引起的一种炎症性病变。炎症因子刺激角膜神经末梢，可出现眼睛疼痛的症状。针对不同类型的角膜炎，需遵照医生处方选用合适的抗生素、抗真菌或抗病毒眼药膏或眼药水来治疗。例如妥布霉素地塞米松眼膏、氟康唑滴眼液、更昔洛韦滴眼液等。
3.结膜炎
结膜炎通常由感染或过敏引起，会导致结膜血管扩张和分泌物增多，从而引起眼睛疼痛。此外还伴有眼红、流泪等症状。如果是细菌性结膜炎，可以遵医嘱使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等抗生素类眼药水进行治疗；若是过敏性结膜炎，则需要遵医嘱使用富马酸依美斯汀滴眼液、盐酸奥洛他定滴眼液等抗过敏眼药水缓解症状。
4.干眼症
干眼症患者的泪腺分泌不足或者泪液蒸发过快，使眼球表面缺乏足够的润滑保护层，此时点眼药水可能会加重症状，进而表现为眼睛疼痛的情况。对于干眼症，建议增加眨眼次数以减少泪液蒸发，还可以遵医嘱使用人工泪液替代治疗，如玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等。
5.异物感
如果眼药水中含有颗粒状物质，在进入眼睛后可能形成异物感，继而诱发疼痛的现象发生。若为异物感所致，一般不需要特殊处理，但要避免揉搓患处，以免加重损伤。
面对滴眼药水后眼睛疼痛的问题，应注意观察症状变化，必要时及时就医。患者还可通过裂隙灯显微镜检查、角膜荧光染色试验等方式明确诊断。日常生活中，患者还要注意保持良好的卫生习惯，避免用手直接接触眼睛，以防加重病情。