凌晨三四点肚子疼可能是饮食不当、慢性胃炎、十二指肠溃疡、肠易激综合征或功能性消化不良引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.饮食不当
如果患者晚餐进食过多油腻、生冷等食物，会导致胃肠负担加重，进而引起消化不良的情况发生。当食物长时间停留在肠道内时，会对肠道黏膜产生刺激作用，导致腹痛的发生。针对此类原因引起的腹痛，可遵医嘱使用健胃消食片、多潘立酮片等促进消化的药物进行缓解。
2.慢性胃炎
慢性胃炎是由于各种原因长期损伤胃黏膜所引起的炎症反应，此时胃部功能减弱，无法正常消化和排空食物，从而出现凌晨三四点钟腹部疼痛的症状。对于慢性胃炎所致的腹痛，可在医生指导下服用奥美拉唑镁肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片等抑制胃酸分泌的药物来进行改善。
3.十二指肠溃疡
十二指肠溃疡是由幽门螺杆菌感染或其他因素导致十二指肠黏膜防御降低而发生的病变，在夜间由于胃液反流至十二指肠，刺激受损的黏膜，会引起腹痛的现象。若确诊为十二指肠溃疡，建议配合医生通过内镜下黏膜切除术等方式来帮助修复受损的黏膜组织。
4.肠易激综合征
肠易激综合征是一种常见的消化系统功能紊乱性疾病，其发病可能与遗传、精神心理障碍等因素有关，这些因素可能导致肠道运动异常和对刺激物敏感性增加，从而引起腹痛等症状。针对此病，可遵照医生的意见口服双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌制剂调节肠道微生态环境，有利于减轻不适症状。
5.功能性消化不良
功能性消化不良是指存在消化不良症状但经检查排除了器质性病变的一组临床综合征，可能是胃肠动力障碍、幽门螺杆菌感染等原因导致的，使食物不能及时排出，滞留在消化道中被分解产生气体，从而引起腹胀、腹痛等不适症状。若是功能性消化不良引起的相关症状，可以考虑用复方嗜酸乳杆菌片、复合乳酸菌胶囊等促消化类药物来改善病情。
日常生活中要注意调整饮食习惯，避免暴饮暴食以及食用辛辣刺激性的食物如辣椒、生姜等。同时还要注意休息，保证充足的睡眠时间，避免熬夜。建议定期进行胃镜检查、大便常规检查以及血清幽门螺杆菌检测，以监测病情变化并及时发现潜在的问题。