阴茎皮下有黄豆粒大小的疙瘩可能是脂肪粒、珍珠状阴茎丘疹、包皮龟头炎等因素导致的，可通过一般治疗、药物治疗的方式进行治疗。
1、脂肪粒
如果阴茎皮肤毛囊皮脂腺导管堵塞，可导致皮脂排泄受阻，进而形成潴留性囊肿，从而表现为阴茎皮下有黄豆粒大小的疙瘩。平时应注意局部卫生，保持阴茎部位的清洁干燥，同时还可在医生指导下通过激光治疗的方式进行治疗。
2、珍珠状阴茎丘疹
如果男性包皮过长，可导致包皮污垢聚积，进而诱发珍珠状阴茎丘疹，使阴茎皮下出现黄豆粒大小的疙瘩。平时应注意个人卫生，及时清洗包皮，还可在医生指导下采取包皮环切术进行治疗。
3、包皮龟头炎
如果包皮过长，可导致细菌在包皮内聚积，引起包皮龟头炎，使阴茎皮下出现黄豆粒大小的疙瘩，还可伴有局部红肿、瘙痒等症状。平时应注意保持包皮龟头清洁干燥，还可在医生指导下使用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等药物进行治疗。
除了以上因素，还可能是尖锐湿疣导致的。应前往医院就诊，在医生指导下查明原因对因治疗。