脚趾甲变厚颜色变深可能是灰指甲，也可能是甲母痣、银屑病甲等导致的，建议患者及时就医，明确诊断。
1、灰指甲
灰指甲是由皮肤癣菌感染所致的甲病变，病原菌主要为皮肤癣菌中的红色毛癣菌、须癣毛癣菌、念珠菌及某些霉菌等，多由手足癣直接传染导致。患者主要表现为病甲失去光泽、变得粗糙、变得松脆易破损等。患者也可能会出现脚趾甲变厚、颜色变深的情况。建议患者可遵医嘱口服特比萘芬、伊曲康唑等药物进行治疗。必要时，也可遵医嘱进行病甲清除术、激光治疗等物理治疗。
2、甲母痣
甲母痣属于长在指甲上的色素痣，是一种良性肿瘤，主要是由于黑色素细胞沉积在甲母部位，从而表现为指甲上出现一条或多条纵向、条带状的黑线。如果甲母痣体积较小，而且没有出现任何症状，一般不需要特殊治疗，注意观察即可。但如果甲母痣体积较大，并伴有疼痛、红肿等症状，建议患者可以在医生的指导下进行手术切除治疗。
3、银屑病甲
银屑病是一种由环境因素、遗传因素、免疫因素等因素引起的皮肤病，病变可能会累及脚趾甲，导致脚趾甲出现增厚、浑浊、变色、脱落等症状。患者可在医生指导下使用他扎罗汀、阿维A酯等药物进行治疗。
除此之外，还可能是甲剥离等导致的，建议患者及时就医，明确诊断。