附件囊肿和卵巢囊肿的区别在于发生部位不同、病因不同、症状不同等。1、发生部位不同附件囊肿是指发生在附件区的囊肿，比如卵巢囊肿或输卵管囊肿。而卵巢囊肿是指卵巢内部或表面生成的囊状结构。2、病因不同附件囊肿可能是由于环境、饮食、感染、激素等因素引起的。而卵巢囊肿可能是由于遗传、内分泌、环境等因素引起的。3、症状不同附件囊肿主要表现为下腹部不适、性交疼痛、月经异常等症状。而卵巢囊肿主要表现为腹部胀满感、腹部下坠感、性交疼痛等症状。4、治疗方法不同附件囊肿如果是生理性囊肿，一般不需要进行特殊治疗，可以自行消失。如果是病理性囊肿，囊肿体积较小，没有出现不适症状，可以遵医嘱服用桂枝茯苓胶囊、红金消结胶囊等药物进行治疗。如果囊肿体积较大，并且出现了不适症状，可以通过卵巢囊肿剥除术、附件切除术等手术方式进行治疗。而卵巢囊肿如果是良性肿瘤，可以通过卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等手术方式进行治疗。如果是恶性肿瘤，可以通过卵巢切除术、放化疗等方式进行治疗。