长智齿头疼不一定会影响神经，需要根据具体情况进行分析。如果长智齿头疼是由于智齿冠周炎、龋齿等因素引起的，一般不会影响神经;如果长智齿头疼是由于牙髓炎、根尖周炎等因素引起的，可能会影响神经。
1、智齿冠周炎
智齿在萌出过程中，由于空间不足，容易出现阻生，从而诱发智齿冠周炎。如果长智齿头疼是由于智齿冠周炎引起的，一般不会影响神经。患者可以在医生指导下使用过氧化氢溶液、碘伏等药物进行消毒，必要时，患者也可以遵医嘱使用甲硝唑、头孢克肟等药物进行抗感染治疗。
2、龋齿
龋齿是一种以细菌为主的病原体，在多因素作用下，使牙齿硬组织发生慢性进行性破坏的一种疾病。如果长智齿后不注意口腔卫生，可能会导致龋齿，从而引起头疼的症状。如果是龋齿引起的头疼，一般也不会影响神经。患者可以在医生指导下使用氟化亚锡、氟化铵等药物进行治疗。
3、牙髓炎
牙髓炎主要是由细菌感染引起的。如果是牙髓炎引起的头疼，不及时治疗，可能会影响神经。患者可以在医生指导下使用甲硝唑、替硝唑等药物进行抗感染治疗。如果疼痛症状比较严重，患者也可以遵医嘱使用布洛芬、吲哚美辛等非甾体抗炎药进行治疗。
4、根尖周炎
根尖周炎是指发生在根尖周组织中的一种炎症性病变，可能与细菌感染、外伤、化学刺激等因素有关，患者可能会出现牙齿咬合痛、牙龈肿胀、流脓等症状。如果患者出现上述症状，建议及时就医，在医生的指导下进行根管治疗。
建议患者及时就医，可以通过血常规检查、X线检查等方式明确诊断，根据检查结果，采取针对性治疗。