自然流产孕囊一般在当天就可以排出，但也有可能需要更长的时间。具体的时间要根据个人体质以及胚胎的发育情况进行判断。
自然流产是指胚胎或胎儿尚未具有生存能力而妊娠终止。在自然流产过程中，孕囊会从宫腔内排出，一般在当天就可以排出。但是由于每个人的体质不同，对药物的敏感度不同，所以排出时间也会存在差异。有些人可能会在流产后2-3天，甚至更长的时间才会排出孕囊。自然流产后要注意多休息，避免过度劳累，同时也要避免进行剧烈运动。饮食上可以多吃一些优质蛋白的食物，如鸡蛋、牛奶、瘦肉等，能够补充身体所需要的营养，有利于身体恢复。
如果在自然流产后，阴道出血量比较多，并且持续时间比较长，要及时到医院就诊，排除是否存在宫腔残留的情况。如果宫腔内存在残留，可以通过清宫手术的方式进行处理，以免引起宫腔感染。