长水痘了三天了发现水痘里面都是黄色的可能是继发细菌感染、合并细菌感染等原因导致的，建议患者及时就医，在医生的指导下进行针对性治疗。
水痘通常是由于机体感染水痘-带状疱疹病毒引起的，水痘-带状疱疹病毒主要通过呼吸道传播，也可以通过直接接触传播。患者患水痘-带状疱疹病毒期间，如果不注意局部卫生，经常用手抓挠水痘部位，或者是不小心用手触碰到水痘部位，就可能会导致局部皮肤发生细菌感染，从而出现黄色分泌物。
患者出现水痘-带状疱疹病毒感染的情况，建议在医生的指导下涂抹阿昔洛韦软膏、莫匹罗星软膏等药物进行治疗，如果伴有瘙痒的情况，也可以遵医嘱服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物进行治疗，有利于疾病的恢复。患者在治疗期间应注意局部卫生，避免随意抓挠，以免导致症状加重。