吃益生菌小腹疼痛可能是正常现象，也可能是药物副作用、急性胃肠炎等原因引起的。
1、正常现象
益生菌可以促进胃肠道蠕动，有利于食物的消化和吸收，从而缓解胃肠道不适。患者服用后可能会刺激胃肠道黏膜，出现腹痛的情况。一般不需要特殊治疗，属于正常现象。
2、药物副作用
若患者对益生菌过敏，服用后可能会产生过敏反应，出现皮肤瘙痒、腹痛等症状。患者要立即停止服用该药物，遵医嘱口服氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物治疗。
3、急性胃肠炎
如果患者存在急性胃肠炎，服用益生菌后可能会刺激胃肠道，导致病情加重，出现腹痛、腹泻等症状。患者可遵医嘱口服头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊等药物治疗。
除此之外，还可能是肠痉挛、结肠炎等原因引起的，建议患者及时就医治疗。