普通胃肠镜和无痛胃肠镜的区别在于术前准备不同、麻醉状况不同、疼痛程度不同等。
1、术前准备不同
普通胃肠镜是在患者清醒状态下进行的一种检查方法，经口腔插入软纤维的管子到达胃、十二指肠、小肠等部位，医生可通过内窥镜观察胃肠道的情况。而无痛胃肠镜是指在麻醉状态下进行的检查方法，患者进入麻醉状态后进行检查，可以减轻患者的疼痛感。
2、麻醉状况不同
普通胃肠镜患者整个检查过程均处于清醒状态，检查室只会对口腔和咽喉部进行局部麻醉。而无痛胃肠镜患者整个过程处于麻醉状态，须由专业的麻醉师进行麻醉评估后，进行全身麻醉。
3、疼痛程度不同
普通胃肠镜患者会有较强烈的不适感，胃肠镜检查通常比较痛苦，但由于患者处于麻醉状态，整个过程感觉不到疼痛。而无痛胃肠镜患者由于处于全麻状态，整个过程感觉不到疼痛和不适感。
除上述常见的区别外，还包括检查费用不同。患者进行胃肠镜检查时需根据自身情况，由专业医生进行综合分析，选择最为合适的检查方法。