厌氧菌感染可以采取青霉素类、头孢菌素类、甲硝唑等药物进行治疗。
1.青霉素类
青霉素类抗生素如阿莫西林可用于厌氧菌感染。通常口服或注射给药。青霉素通过干扰细菌细胞壁合成来杀死厌氧菌，这类细菌缺乏产生青霉素酶的能力，因此对青霉素敏感。适用于由青霉素敏感厌氧菌引起的轻至中度感染，如皮肤软组织感染、呼吸道感染等。
2.头孢菌素类
头孢菌素类抗生素如头孢克肟可有效对抗厌氧菌。一般口服或静脉滴注。头孢菌素通过抑制细菌细胞壁合成来杀灭厌氧菌，其对大多数厌氧菌有良好的抗菌活性。适用于由头孢菌素敏感厌氧菌导致的多种感染，包括泌尿生殖系统感染、骨关节感染等。
3.甲硝唑
甲硝唑是常用的抗厌氧菌药物，常以口服或静脉注射的方式使用。甲硝唑能直接杀灭厌氧菌，尤其对于脆弱拟杆菌等革兰阴性厌氧菌效果显著。适用于由厌氧菌引起的口腔、消化道、女性生殖系统及原虫感染等。
在治疗厌氧菌感染时，应遵循医嘱严格控制用药剂量和时间，同时注意个人卫生习惯，保持伤口清洁干燥，避免再次感染。