男女基因不合可能是因为染色体出现异常，或者是在怀孕期间接触了有害物质导致的。
1、染色体出现异常
如果男女双方的染色体出现了不合的情况，就会导致胚胎发育出现异常，从而影响到胎儿的正常生长和发育，可能会出现胎儿停止发育或者是胎儿畸形的情况。
2、接触有害物质
如果在怀孕期间接触了有害物质，比如化学物质、辐射线等，就会导致男女双方的染色体出现异常，从而影响到胚胎的正常发育。
如果男女双方一旦检查出有基因不合的情况，应立即在医生的指导下终止妊娠。在日常生活中要养成良好的生活习惯，保持愉快的心情，避免过度劳累，适当的进行体育锻炼，增强身体抵抗力，有利于预防疾病的发生。