佐匹克隆可能引起嗜睡、遗忘效应、精神运动性障碍、呼吸抑制等副作用，并存在一定的成瘾性。如果副作用较为严重或影响日常生活，应咨询医生以调整治疗方案。
1.嗜睡
佐匹克隆通过激动γ-氨基丁酸受体而增强中枢抑制作用，导致神经细胞过度抑制，进而引起睡眠时间延长。患者可能出现宿醉样症状、日间思睡、疲劳等情况发生。
2.遗忘效应
佐匹克隆能够促进脑内乙酰胆碱的代谢，影响记忆形成和储存过程，从而出现暂时性的记忆力下降现象。可能表现为次晨不能回忆服药后的事情或行为，长期使用可能导致认知功能损害。
3.精神运动性障碍
佐匹克隆具有一定的镇静催眠效果，但同时也会对大脑皮层产生抑制作用，使思维活动减慢。可能会出现意识模糊、判断力受损等现象，严重时甚至会出现昏迷的情况。
4.呼吸抑制
佐匹克隆可以抑制延髓呼吸中枢，降低呼吸频率和深度，导致氧气供应不足。可引起患者感到窒息感，严重时会导致生命危险。
5.成瘾性
佐匹克隆属于苯二氮卓类药物，能特异性作用于苯二氮卓受体，提高GABA介导的氯离子通道开放概率，增加氯离子跨膜流动，导致突触后膜超极化，从而使神经元兴奋性降低。长期服用会产生身体依赖性和心理依赖性，突然停药会引起戒断症状，如焦虑、失眠等。
佐匹克隆需遵医嘱使用以减少潜在风险。用药期间应监测睡眠质量及日间表现，避免驾驶机动车辆或进行需要高度警觉的任务。