生殖器太短通常可以遵医嘱进行一般治疗、药物治疗、手术治疗，具体治疗方法需要根据病因来判断。
1、一般治疗
如果患者是先天性生殖器短，阴茎在正常勃起后大于4厘米，此时不需要进行特殊的治疗。
2、药物治疗
性生活频繁以及长期手淫可能会导致阴茎海绵体损伤，从而引起阴茎短小、勃起功能障碍等情况。此时患者需要注意避免频繁同房以及过度手淫。同时还可以在医生的指导下服用枸橼酸西地那非片、他达拉非片等药物来改善勃起功能障碍。
3、手术治疗
隐匿性阴茎畸形也可能会导致阴茎短小，此时患者还会出现包皮上翻困难、尿道口狭窄等症状，患者需要在医生的指导下进行手术治疗，如阴茎松解术、包皮环切术等。
建议患者在日常生活中，注意保持生殖部位的清洁、干燥，避免穿过紧的裤子。同时还要勤换洗内裤，以免引起细菌感染。