新生儿吐褐色分泌物多考虑是生理性胃肠道反应引起的，但也不排除是消化道出血、咽炎等原因引起的，需要明确病因进行治疗。
1、生理性胃肠道反应
由于新生儿的胃肠道功能发育不完善，胃呈水平位，食管和贲门括约肌功能较弱，胃内容物容易反流，从而导致出现吐褐色分泌物的情况。建议在平时养成良好的生活习惯，少量多次喂养。
2、消化道出血
由于新生儿的胃肠道受到细菌、病毒等感染，可能会导致黏膜损伤，从而出现上述症状。可以遵医嘱服用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌散等药物缓解。平时也需注意保暖，避免受凉。
3、咽炎
由于咽部受到病原体感染，可能会诱发咽炎，从而出现咽部不适、咳嗽等症状，严重时可能会导致咽喉部位的毛细血管破裂，出现出血现象。可以遵医嘱服用阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒（该药物适用于6个月及以上的儿童和成人，6个月以下禁用）等药物缓解。在平时需注意饮食清淡，不要吃刺激的食物。
除此之外，也可能与肺炎等疾病有关，病情严重时要及时就医。