脚趾甲不平整有波纹一般是由于缺乏微量元素，如钙、铁等造成，是缺乏维生素D、维生素B所导致。
如果身体缺乏微量元素，尤其是缺钙，可致皮肤干燥、脱屑、指甲易脆、毛发稀疏等，进而可出现脚趾甲不平整有波纹的情况，可在补充钙剂的基础上给予维生素D进行治疗。补钙的食物有芝麻、奶制品、豆制品、海产品，虾皮含钙量非常高且容易吸收，并且营养丰富，含有蛋白质和其他微量元素。如果是药物补钙建议使用钙片，建议服用复合型钙片，其针对补钙的同时也可补充其他微量元素，效果较单一的钙片比较好。补充维生素D的食物有鸡蛋、鸭蛋、鹅蛋、鹌鹑蛋，另外，动物的内脏，比如说像猪肝、鸡肝、羊肝、鸭肝、鹅肝，也是补充维生素D的重要来源。患者在维生素B缺乏时，初期可出现疲劳、乏力，以及工作效率减低、记忆力下降、失眠等表现，典型的患者可出现皮炎、腹泻、脚趾甲不平整有波纹的症状。可通过维生素B制剂进行补充，也可以多吃牛奶和蛋类，以及坚果和谷物等，有助于补充。缺乏维生素B时，建议平衡膳食，多吃一些肉、蛋、奶、粗粮、新鲜水果。如果维生素B缺乏过于严重，或身体需要非常的多，比如儿童、青少年、孕妇、老年人，需要在医生的指导下服用维生素制剂，有利于补充维生素B的缺乏。
另外，脚趾甲不平整有波纹也有可能是灰指甲。灰指甲又称为甲癣，通常是由于各种真菌感染引起，如红色毛癣菌、絮状表皮癣菌等。通常表现为病甲增厚、易碎，以及脚趾甲不平整有波纹等，可以在医生指导下选择盐酸特比萘芬、伊曲康唑胶囊等药物进行口服，若使用药物无效，可以在局麻下将患甲拔除或进行病甲清除术。