儿童真菌感染一般可以通过改善生活方式、药物等方法治疗。儿童真菌感染，通常考虑是交叉感染、湿热、环境等原因所导致，如果周围有患者有细菌感染，在说话的过程中会通过空气和飞沫将含有细菌的气体喷射到空气中。儿童机体免疫力低，不能抵挡细菌的侵入，从而导致儿童受到真菌感染，这种情况需要及时治疗，避免延误病情，导致症状加重。
1、改善生活方式：家长要注意好孩子生活方面的调理，首先是要养成良好的清洁卫生习惯，对于孩子经常穿的衣物鞋子都应该进行定时消毒，防止细菌和真菌的滋生，建议家长要注意，使真菌感染的部位保持干燥，不要让孩子反复地搔抓，以免引起其他部位的真菌感染。
2、药物治疗：儿童真菌感染，用抗真菌类的药物会比较好，比如盐酸特比萘芬乳膏、硝酸咪康唑乳膏、克霉唑乳膏等，而盐酸特比萘芬乳膏是一种抗真菌类的药膏，可以治疗手癣、足癣等念珠菌感染引起的真菌性皮肤疾病，可以给儿童使用，但是必须要在成人的监护下使用，而硝酸咪康唑乳膏可以治疗酵母菌感染导致的真菌性皮肤疾病，可以通过抑制真菌细胞膜合成起到抗真菌作用，在给儿童使用时需要遵医嘱，克霉唑乳膏可以治疗念珠菌感染引起的真菌性皮肤疾病，还可以治疗念珠菌感染引起的妇科疾病，可以将患处清洗干净之后直接涂抹，儿童使用本品时需要在成人的监护下，不可以涂抹在眼睛。另外，氟康唑片是一种抗真菌类的药物，可以治疗念珠菌病、隐球菌病、球孢子菌病，即便是儿童也可以使用，（氟康唑片（适用于14岁及以上的儿童和成人，14岁以下禁用））所以当儿童出现真菌感染时，可以口服氟康唑片进行治疗。